FPK UNRI didirikan tahun 1962 berdasarkan SK. Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No.123 tahun 1962. Pada awal pendiriannya, Fakultas Perikanan dipimpin oleh dekan yaitu Drs. Kambali dan pembantu dekan yaitu Max Wibisono. SDM Fakultas Perikanan sebagian besar adalah dosen luar biasa yang diperbantukan dari berbagai instansi pemerintah di Provinsi Riau, kondisi ini berlangsung hingga tahun 1982. Dosen tetap Fakultas Perikanan mulai diangkat pada tahun 1968 dan sejak itu perkembangan SDM terus mengalami peningkatan.
Perkembangan ilmu pengetahuan di bidang perikanan khususnya eksploitasi sumber daya perairan di Indonesia menuntut perubahan pada jurusan perikanan laut. Pada tahun 1976 dilakukan penyusunan Rencana Pengembangan Fakultas Perikanan Universitas Riau 8 (delapan) tahun (1976-1983). Dokumen rencana pengembangan tersebut berisi perencanaan secara bertahap untuk membuka beberapa program studi baru yang dianggap relevan pada saat itu. Rentang waktu tahun 1985-2002, Fakultas Perikanan UNRI menaungi 2 (dua) jurusan yaitu Jurusan Manajemen Sumber Daya Perairan (MSP) dan Jurusan Pengolahan Hasil Perairan (PHP). Jurusan MSP terdiri dari 5 program studi (Budi Daya Perikanan, Manajemen Sumber Daya Perairan, Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan, Sosial Ekonomi Perikanan dan Ilmu Kelautan). Jurusan PHP terdiri dari satu program studi yaitu Program Studi Teknologi Hasil Perikanan. Selanjutnya, berdasarkan SK-Dirjen Dikti No: GI/Dikti/2002 tanggal 13 Desember 2002, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, dimekarkan menjadi 6 Jurusan dengan 6 Program Studi yaitu: Jurusan Budidaya Perairan (BDP), Jurusan Ilmu Kelautan (IK), Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP), Jurusan Pemanfaatan Sumberdaya Perairan (PSP), Jurusan Sosial Ekonomi Perikanan (SEP), dan Jurusan Teknologi Hasil Perikanan (THP).
Tahun 2012 Fakultas Perikanan dan Kelautan membuka Program Studi S-2 (Magister), yaitu Program Studi Ilmu Kelautan yang berdiri pada tanggal 10 Agustus 2012, sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia nomor 5463/E2.2/2012. Untuk meningkatkan peran FPK UNRI dalam bidang pendidikan nasional, maka pada Tahun 2015 FPK UNRI mendapat kepercayaan dan rekomendasi dari Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi untuk membuka Program Studi Doktor (S-3), yaitu Program Studi Ilmu Kelautan dengan SK Kemenristekdikti Nomor: 118/KPT/I/2016 pada Tanggal 10 Maret 2016.
Pada awal berdirinya Prodi Agrobisnis Perikanan (AP) bernama Sosial Ekonomi Perikanan. Kemudian pada tahun 2007 secara nasional mengalami perubahan nama menjadi “Program Studi Agrobisnis Perikanan” berdasarkan keputusan 163/DIKTI/Kep/2007 Tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi.