Tata pamong FPK UNRI ditopang oleh budaya organisasi yang disetujui dan mengikat seluruh sivitas akademika disemua aspek yang meliputi Peraturan dan Keputusan dari Kemenristekdikti dan termasuk Statuta UNRI. FPK UNRI dan prodi AP membentuk kepemimpinan yang kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab dan adil melalui cara rekruitmen atau pemilihan pimpinan yang didasari oleh prinsip Good University Governance (GUG), didukung oleh budaya organisasi yang berlaku.
Tata pamong UPPS dan Prodi AP telah mengakomodasi nilai-nilai, norma, struktur, tugas, fungsi, peran, dan aspirasi pemangku kepentingan yang tercermin dalam penyelenggaraan UPPS dan program studi yang demokratis, transparan, adil, akuntabel serta taat hukum.
Dalam rangka menjamin tata pamong yang akuntabel, FPK UNRI memiliki uraian Tupoksi yang jelas dari setiap unit berdasarkan OTK Universitas Riau sesuai dengan Permenristekdikti No. 54 tahun 2017 dan Peraturan Rektor No. 12 Tahun 2017 tentang rincian tugas seluruh komponen institusi di Lingkungan UNRI. Tata pamong FPK UNRI diterapkan melalui penetapan Tupoksi dan uraian tugas masing-masing unit dan personalianya yang diatur dalam OTK Universitas Riau, peraturan akademik, peraturan tata tertib kehidupan kampus, etika dosen, pegawai dan mahasiswa. Perangkat-perangkat dalam sistem pengelolaan tata pamong meliputi Peraturan dan Keputusan dari kemenristekdikti dan termasuk Statuta UNRI, yang secara teknis operasional di tingkat fakultas dituangkan dalam bentuk Standar operasional berupa Pedoman Akademik, Penelitian, Pengabdian Masyarakat, Penjaminan Mutu, Etika Senat, Dosen, dan Mahasiswa.
Audit internal dilaksanakan oleh Satuan Pengawas Internal (SPI), LPPMP, LPPM, dan lembaga/unit terkait lainnya. Sedangkan audit eksternal dilakukan oleh Kemenristekdikti, BNSP dan instansi lain yang relevan. Kinerja prodi setiap tahun dilaporkan dalam bentuk Laporan Akuntabilitas Kinerja Institusi Pemerintah (LAKIP) dan Indeks Kinerja Dosen (IKD), Sasaran Kinerja Pegawai (SKP) setiap semester serta Satuan Kredit Semester Remunerasi (SKSR) setiap bulan. Pada bidang kerjasama, UPPS mengacu pada MoU dan MoA pada tingkat Universitas dan di tingkat Fakultas.
Dalam menjamin terlaksananya tata pamong, kepemimpinan, sistem pengelolaan dan sistem penjaminan mutu yang baik, FPK UNRI telah menerapkan suatu sistem penyelenggaraan yang didasarkan pada aturan-aturan yang telah ditetapkan antara lain:
Strategi pelaksanaan dan kerjasama dilakukan dengan mengundang expert, mitra, dan praktisi dalam pelatihan dan kuliah umum agar mahasiswa menumbuhkan jiwa kewirausahaan; meningkatkan kualitas pengelolaan Laboratorium bekerjasama dengan Dinas Perikanan, Universitas dan lembaga; memanfaatkan kerjasama dengan instansi dengan Perikanan dan Kelautan serta bisa memberikan dana hibah.
Sumber daya yang dialokasikan adalah dengan melibatkan seluruh sivitas akademika yang ada di setiap program studi UPPS meliputi; dosen, tenaga kependidikan, mahasiswa, stakeholder dan masyarakat. Sedangkan sumber daya pendanaan dilakukan dengan penganggaran kedalam RKA/KL fakultas.
a. Sistem Tata Pamong
Sistem tata pamong yang berjalan di UPPS terkakit indikator inerja utama dijabarkan sebagai berikut:
1). Tata pamong dan Tata Kelola UPPS
Dokumen formal dalam implementasi tata pamong dan tata kelola merujuk pada beberapa peraturan dan keputusan yang dikeluarkan oleh Kemenristekdikti dan Rektor Universitasa Riau.
2). Struktur organisasi dan tata kerja UPPS
Struktur organisasi dan tata kerja UPPS mengacu pada OTK Universitas Riau No. 54 tahun 2017.
3). Praktik Good Governance
Dalam rangka menjalankan transparansi dan akuntabilitas pengelolaan keuangan FPK dilakukan; (1) Perencanaan keuangan, yang dituangkan dalam penyusunan Rencana Kerja dan Anggaran Tahunan (RKAT) Fakultas. RKAT ini merupakan pedoman untuk pelaksanaan realisasi anggaran tahunan. (2) Realisasi Anggaran dilaksanakan dengan mengacu pada RKAT yang telah disetujui antara kuasa pengguna anggaran (Pembantu Dekan II) dan kuasa pemberi anggaran Inspektorat Kementerian Keuangan sesuai dengan DIPA UNRI yang berlaku di universitas/fakultas. (3) Laporan realisasi anggaran tertuang dalam Laporan Keuangan Fakultas yang disajikan setiap bulan, tengah tahun dan akhir tahun dan diaudit oleh Inspektorat Kementerian Keuangan (4) Monitoring pengendalian internal keuangan (5) Laporan Realisasi Analisa Anggaran.
4). Sistem pengelolaan fungsional dan operasional di tingkat UPPS
Sistem pengelolaan fungsional dan operasional UPPS merupakan sistem tata kelola yang telah terstruktur dan telah berjalan dengan baik berdasarkan aturan dan budaya organisasi yang berlaku (Statua UNRI, Pedoman Akademik, dan SOP). Pengelolaan UPPS menggunakan prinsip manajemen meliputi kegiatan planning, organizing, staffing, leading, controlling yang diuraikan sebagai berikut:
Planning
Dalam aspek perencanaan, FPK UNRI menyusun rencana kerja sesuai dengan tugas dan fungsinya. Rencana kerja mengacu kepada VMTS FPK UNRI yang disusun oleh pimpinan dan unit di bawah jurusan/program studi. Rencana kerja mencakup rencana strategis (Renstra) untuk periode 4 tahun (2016-2020) dan program kerja tahunan. Rencana pengembangan sumberdaya manusia, selain difokuskan pada pemenuhan jumlah dosen/tendik juga dengan peningkatan kualitas dosen/tendik. Perencanan keuangan Fakultas dilakukan melalui penyusunan anggaran setiap tahun. Penyusunan anggaran keuangan dengan membuat rencana penggunaan dana Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) yang berasal dari uang SPP mahasiswa. Besaran yang dialokasikan ke Fakultas dengan porsi 70% dan 30% untuk Universitas. Dari dana yang dikelola Fakultas 22,7% dialokasikan untuk prodi. Sedangkan perencanaan keuangan untuk gaji pegawai berasal dari anggaran pemerintah pusat melalui Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.Perencanaan fasilitas disusun berdasarkan kebutuhan masing-masing Laboratorium setiap tahunnya.
Organizing
Pengorganisasian dimaksudkan sebagai pembagian kerja bagi dosen dan tenaga kependidikan serta yang ditugaskan pada jabatan struktural dalam rangka untuk dapat menyelesaikan tupoksi secara efisien.
Staffing
Dosen dan tenaga kependidikan ditempatkan pada unit atau laboratorium yang sesuai keahliannya, dalam melaksanakan tupoksi masing-masing. Pembagian tugas bagi tenaga akademik dilakukan oleh pimpinan FPK.
Leading
Pimpinan FPK UNRI senantiasa memberikan pengarahan dan motivasi kepada sivitas akademika dan tenaga kependidikan untuk melakukan tugas dan kewajiban dengan penuh tanggung jawab. Pimpinan dapat memberikan penghargaan dan sanksi kepada dosen dan staf. Sementara dalam mempermudah dan menertibkan administrasi, baik administrasi akademik ataupun kepegawaian dan keuangan, kemahasiswaan dan perlengkapan pada setiap kegiatan didasarkan pada pedoman dan SOP yang telah ditetapkan berdasarkan SK Dekan, sehingga pelaksanaan fungsi leading/actuating berjalan dengan baik.
Controlling
Sistem monitoring dan evaluasi UPPS dilakukan oleh tim SPM FPK, Pimpinan FPK dan UNRI, LPPMP, SPI UNRI. Kegiatan ini terkait SDM, mutu, dan keuangan. Bagi setiap dosen dilakukan kontrol dan evaluasi hasil kinerja dosen setiap semester melalui laporan BKD (Beban Kerja Dosen).
b. Kepemimpinan
Sistem kepemimpinan dan pengalihan serta akuntabilitas pelaksanaan tugas di Prodi AP berdasarkan OTK yang ditetapkan berdasarkan Permenristekdikti No. 54 tahun 2017 dan Peraturan Rektor Nomor 05 Tahun 2017 tentang Implementasi Organisasi dan Tata Kerja UNRI. Sistem kepemimpinan di Prodi AP dapat digambarkan dalam sebuah proses yang sistematik dengan melibatkan seluruh sumber daya yang dimiliki dan telah berjalan dengan baik sesuai dengan acuan pelaksanaan tugasnya. Sistem kepemimpinan Prodi AP telah berjalan efektif serta memiliki karakteristik yang meliputi kepemimpinan operasional, organisasi dan publik.
Kepemimpinan operasional, meliputi penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat pada tingkat jurusan/program studi. Dalam pelaksanaannya, ketua jurusan/prodi AP melakukan rapat dengan sekretaris jurusan/prodi, ketua laboratorium/KJF yaitu rapat terbatas, dan bersifat rahasia, sedangkan rapat lengkap yaitu antara dosen, tenaga kependidikan, dan laboran untuk melaksanakan koordinasi, evaluasi, sinkronisasi, penyampaian informasi tentang kebijakan prodi, mengambil keputusan tentang hal-hal yang bersifat mendesak. Pelaksanaan rapat dan pertemuan dilaksanakan satu kali dalam satu bulan.
Ketua jurusan/koordinator Prodi AP sangat fokus pada kepemimpinan akademik yang berorientasi kepada luaran produk prodi baik mutu lulusan maupun mutu pelaksanaan tridarma perguruan tinggi. Kepemimpinan secara operasional juga menyangkut keterlibatan dalam forum ketua jurusan/koordinator Prodi, dan forum pimpinan Fakultas Perikanan dan Kelautan, forum LPPM, Forum LPPMP, forum kerja sama nasional dan internasional. Pada tataran tingkat fakultas, program studi secara aktif terlibat dalam berbagai forum dan kerja sama yang dapat meningkatkan kualitas pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.
Kepemimpinan Organisasi, Organisasi prodi AP memiliki struktur, alur kerja dan pertanggungjawaban yang jelas serta didukung oleh adanya deskripsi Tupoksi. Efektivitas kepemimpinan organisasi di Prodi AP juga terlihat dari pengambilan keputusan terkait penyelengaraan Prodi AP yang merupakan representasi masukan dan kontribusi dari seluruh dosen. Pengambilan keputusan yang bersifat adil, sehingga instrumen yang digunakan dapat menjamin efektivitas kepemimpinan organisasional.
Kepemimpinan publik yaitu dalam hubungan pimpinan Prodi AP, utamanya dan personel Prodi AP secara keseluruhan dengan masyarakat lokal dan nasional. Prodi AP saat ini mendapatkan respon publik yang baik dan telah memberikan kontribusi nyata dalam pembangunan fakultas dan Universitas, serta daerah. Bentuk peran kepemimpinan publik Prodi AP telah nyata melalui kiprah dosen dan institusi. Beberapa peran kepemimpinan publik berdasarkan kepercayaan masyarakat terhadap keterlibatan dosen Prodi AP terhadap institusi lain tertera pada Tabel 1.
| No | Keterlibatan Institusi | Dosen yang terlibat |
| 1. | Dewan Penasehat Ikatan Pedagang kecil Kota Pekanbaru | Dr.Ir. Hendrik M.Si. |
| 2. | Pembina PWI Provinsi Riau | Ir. Ridar Hendri, M.Si |
| 3 | Ketua Sport Science KONI Riau | Prof. Dr. Zulkarnaini, M.Si. |
| 4 | Ketua Bidang Pembinaan Prestasi KONI Pekanbaru | Prof. Dr. Zulkarnaini, M.Si. |
| 5 | Pengurus LPM Provinsi Riau | Prof. Dr. Zulkarnaini, M.Si. |
| 6 | Pengurus NU Provinsi Riau | Prof. Dr. Zulkarnaini, M.Si. |
| 7 | Dewan Penasehat Pemuda Pancasila Provinsi Riau (Majelis Permusyawaratan Daerah) | Ir. Hamdi Hamid, SU |
| 8 | Ketua Ikatan Keluarga SMA 1 Payakumbuh Provinsi Riau | Ir. Hamdi Hamid, SU |
| 9 | Ketua Yayasan Pendidikan Mutiara Kamiko | Ir. Hamdi Hamid, SU |
| 10 | Kasubbag Publikasi dan Humas Badan Kesejahteraan Masjid Raya An Nur Pemprov. Riau | Dr. Zulkarnain Umar, S.Pi., M.Si. |
Keberadaan unsur penjaminan mutu internal yang berlaku pada UPPS derada dibawah SPMI. SPMI dibentuk berdasarkan SK Rekor No 1499/UN19/PJ/2015. Keterlaksanaan penjaminan mutu prodi AP sudah sesuai dengan kebijakan, manual, dan standar SPMI UNRI. Efektivitas pelaksanaan penjaminan mutu sesuai dengan siklus PPEPP dilakukan dengan audit mutu internal (AMAI) setiap sekali dalam satu tahun. Hasil penilaian SPM FPK untuk kategori pelaporan data LKPS, prodi AP termasuk 3 Prodi terbaik di FPK.